Cena perdait le WWE Championship au premier pay-per-view de 2006, New Year's Revolution, mais pas dans l'Elimination Chamber match qui était l'événement où il devait défendre son titre. En effet, juste après sa victoire dans l'Elimination Chamber, Edge décidait d'encaisser son Money in the Bank qui lui garantissait un match de championnat, et ainsi après deux rapides spears il battait Cena pour le titre. Le règne de Cena de 280 jours prenait fin, battant le record de l'ancien champion JBL. Juste trois semaines plus tard, Cena récupérait le titre au Royal Rumble.[67] Après avoir récupéré son bien Cena était placé dans une feud contre Triple H, au cours delaquelle le public semblait une fois de plus huer le face — Cena — et encourager le heel — Triple H. La réaction négative s'intensifait encore plus quand il affrontait Rob Van Dam (qui encaissait lui aussi son Money in the Bank, qu'il a remporté à WrestleMania 22) à ECW One Night Stand en juin. Dans le Hammerstein Ballroom l'une des anciennes base de la Extreme Championship Wrestling, la majeure partie du public "old school" de fans de la ECW, traitait Cena avec ranc½ur en entamant des chants "Fuck you, Cena", "You can't wrestle", ou encore "Same old shit". Lors de son entrée, il lança comme d'habitude son t-shirt à la foule, mais celle-ci lui renvoya ! Cena perdait le WWE Championship pour la seconde fois en 2006 à One Night Stand, battu par Van Dam après une intervention d'Edge.
En juillet, après qu'Edge eut remporté le titre de Van Dam dans un Triple Threat match qui impliquait aussi Cena, la feud du début d'année entre les deux était relancée. Après qu'Edge eut conservé le titre de manière douteuse se faisant disqualifier (le titre ne pouvant changer de mains), et utilisant un poing américain introduisait sa propre version de la ceinture customisée de Cena, celle-ci avec un logo placé à la place de la roue. Cena récupérait finalement le titre dans un Tables, Ladders, and Chairs match au pay-per-view Unforgiven en septembre, dans un match qui stipulait que si Cena perdait il devait quitter RAW[ pour aller à SmackDown!. Il ramenait la précédente version de la ceinture le lendemain à RAW. Cena était ensuite impliqué dans une storyline inter-division pour déterminer le "Champion des Champions" le champion le plus dominant des trois divisions de la WWE. Cena, King Booker (World Heavyweight Champion de SmackDown!), et Big Show (Champion du Monde de la ECW ) s'engageaient dans une mini-feud menant à un Triple Threat match à Cyber Sunday en novembre, les fans votant pour le titre qui devait être défendu. Au même moment, Cena était impliqué dans une storyline avec le non-catcheur Kevin Federline quand celui-ci commençait à apparaître à RAW avec Johnny Nitro et Melina. Après avoir été dans une altercation physique avec Federline à RAW, Federline apparaissait à Cyber Sunday pour frapper Cena avec le World Heavyweight Championship pendant le Triple Threat match, aidant King Booker à conserver son titre. 2006 prenait fin alors que Cena débutait une feud avec l'invaincu Umaga pour le titre de la WWE, alors que 2007 débutait avec la fin de sa storyline avec Kevin Federline. Dans le premier RAW de la nouvelle année, Cena était battu par Federline (avec l'aide d'Umaga), bien que plus tard dans la soirée il ait pu se venger en portant un FU sur Federline.Cena mettait fin à la série “d'invincibilité” d' Umaga à New Year's Revolution avant qu'Umaga ne lui cause (kayfabe) une blessure à la rate, alors qu'un match revanche était prévu au Royal Rumble, un Last Man Standing match. Le match cependant se déroulait et Cena conservait son titre.
Le lendemain du Royal Rumble, la surprenante équipe de Cena et Shawn Michaels battait le Rated-RKO (Edge et Randy Orton) pour le World Tag Team Championship, faisant de Cena un double champion. Le 2 avril à RAW, après avoir perdu un match pour le WWE Championship contre Cena à WrestleMania 23, Michaels se retournait contre Cena, coûtant à l'équipe le titre dans la seconde bataille royale à 10 équipes en envoyant Cena par-dessus la troisième corde et éliminant ainsi l'équipe, alors que The Hardys (Matt et Jeff) récupéraient les ceintures. Pour le reste du mois Cena rivalisait avec Michaels, Orton, et Edge jusqu'à ce que The Great Khali montre clairement ses intentions de défier Cena pour son titre en attaquant et "mettant à terre" les trois principaux aspirants au titre avant d'attaquer Cena lui-même et de voler sa ceinture. Les deux mois suivants, Cena rivalisait avec Khali pour le championnat, devenant finalement la première personne à la WWE à le battre par soumission à Judgment Day en mai alors qu'il le rebattait par tombé cette fois à One Night Stand en juin. Plus tard cet été, avant SummerSlam, Randy Orton était nommé aspirant numéro un au WWE championship,[96] commençant une feud entre les deux. Dans les semaines précédant le pay-per-view, Orton infligeait à Cena nombre d'attaques par derrière, lui portant trois RKO, et donnant un coup de pied à la tête du père de Cena. Lors du match à Summerslam Cena conservait le titre, l'emportant par tombé. Un match revanche entre les deux s'est déroulé à Unforgiven, Orton l'emportant par disqualification car Cena ignora les instructions de l'arbitre et continua de frapper Orton dans le coin du ring.
Le 1er octobre 2007 à RAW, Cena souffrait d'un muscle pectoral déchiré pendant un match face à Mr. Kennedy alors qu'il exécutait un hip toss. Bien qu'il ait fini le match et encaissé les attaques de Randy Orton, il était opéré le lendemain, son muscle pectoral était complètement déchiré de l'os, blessure nécessitant entre 6 mois et 1 an d'absence. Résultat il se faisait retirer le titre, comme l'a annoncé Vince McMahon la nuit suivante à la ECW,mettant fin à ce qui était le règne de champion WWE le plus long en 19 ans. Son opération a été réalisée par le chirurgien James Andrews à l'hôpital St. Vincent à Birmingham en Alabama.
Autour de Survivor Series 2007 John Cena accorde une interview de la CNN. La journaliste lui demande s'il a déja pris des stéroïdes. John Cena répond: Absolumment pas. Mais ceci est coupé au montage à la diffusion et la réponse est autre chose: Vous ne prouverez jamais que j'en ai pris. Mr. McMahon prend alors le défense de John Cena et attaque la CNN. Quelques jours plus tard, la CNN rediffuse l'interview mais en intégralité sans montage et sans s'excuser.
Au RAW Tribute of the Troops en Irak diffusé le 24 décembre, Mr. McMahon vient déranger le show mais il est interrompu par le Père Noël. Après une longue discussion du Père Noël, Mr. McMahon lui reprend le micro et lui enlève le chapeau et la barbe et voit que c'est en fait John Cena! Il arrive même à lui faire un F-U avec sa blessure. Il salue les militaires et leur distribue des CD avec Layla, Kelly Kelly, Mickie James et Maria puis il repart pour terminer sa convalescence.
